Megabibliotheek van bodembacteriën-DNA levert nieuwe antibiotica

Onderzoekers van de Rockefeller University hebben al het DNA geïsoleerd dat ze konden vinden in een theekopje vol grond uit de staat Utah, en opgeslagen in een ‘megabibliotheek’ met 10 miljoen genenclusters. Ze hebben er al twee clusters uit weten op te diepen die tot nu toe onbekende glycopeptide-antibiotica produceren, zo melden ze deze week in PNAS.

Volgens schattingen bevat een gram willekeurige grond minstens 10.000 verschillende bacteriesoorten, waarvan zo’n 99 procent nooit wetenschappelijk beschreven is of in een petrischaaltje is gekweekt. Ongetwijfeld produceren ze allerlei nuttige stoffen, maar niemand weet welke.

Vandaar dat de Amerikanen gewoon al het aanwezige DNA in een grote pot hebben gestopt. Vervolgens zochten ze met PCR naar de DNA-sequentie die typisch is voor OxyC, een enzym dat essentieel is voor glycopeptidesyntheseclusters. Zulke clusters blijken heel frequent voor te komen. Over het algemeen produceren ze iets dat lijkt op de bekende antibiotica vancomycine en teicoplanine. Maar in twee clusters bleken tevens sulfotransferases te zitten die gesulfateerde glycopeptides helpen bouwen, die niet eerder waren gezien.

De gesulfateerde moleculen lijken ongeveer hetzelfde effect op bacteriën te hebben als 'gewone' vancomycine. Maar de onderzoekers zijn nog maar net begonnen en ze verwachten nog veel meer interessante producten aan te treffen, bijvoorbeeld een molecuul waar vancomycineresistente stafylococcen niet tegen kunnen.

bron: Rockefeller University