Om een genoom op te helderen kun je beter vooraf de chromosomen sorteren en ze los door de sequencer halen. En dat is géén open deur, zo valt op te maken uit een poging die zojuist is gepubliceerd in Nature Biotechnology.

Onderzoekers van de universiteit van Bielefeld (Duitsland) beschrijven hoe ze op deze manier het genoom van de Chinese dwerghamster (Cricetulus griseus) hebben opgehelderd. Cellen uit de eierstokken van deze diersoort vormen de basis voor zogeheten CHO-celculturen die in de farmaceutische industrie op grote schaal worden gebruikt als productieplatform voor onder meer antilichamen.

Er is wel eens een genoom van gepubliceerd, maar het is de vraag of dat wel representatief was. Volgens de onderzoekers is het CHO-celgenoom namelijk berucht om zijn instabiliteit: er worden frequent stukken DNA uitgewisseld tussen verschillende chromosomen.

Vandaar dat ze juist bij deze diersoort hebben uitgeprobeerd of ze zijn DNA van tevoren konden sorteren met behulp van flowcytometrie, om zo van elk van de 11 chromosoomparen een los voorraadje in handen te krijgen.

Dat bleek niet mee te vallen. Met name de chromosomen 5 en 6 lijken kennelijk zo sterk op elkaar dat er onvermijdelijk een paar in het verkeerde potje terecht komen, zodat een bioinformatica-slag nodig is om de sequencingresultaten te filteren. De chromosomen 9 en 10 krijg je helemaal niet van elkaar gescheiden, en het Y-chromosoom ‘was not sorted at all’.

Volgens de onderzoekers hebben ze nu echter wel een nuttige kaart van het originele hamstergenoom in handen, waaraan je in elk geval kunt aflezen in hoeverre de eierstokcellen afwijken.

Ze vermoeden wel dat er nog een paar stukjes missen: ze hebben hun genoom naast bestaande gegevens van dat van de muis gelegd, en er zijn wat gaten die er niet zouden moeten zijn.

bron: Universität Bielefeld