Uit de VS komt een nieuwe strategie om te achterhalen welke component van het suikerlaagje rond een cel precies bindt aan een gegeven toxine of antilichaam. Dat voorkomt in de praktijk een hoop overbodig werk, zo schrijven onderzoekers van Emory University (VS) in Nature Methods.

De achterliggende gedachte is dat het gemiddelde celoppervlak duizenden varianten van die zogeheten glycanen (sterk vertakte oligo- en polysacchariden) bevat en dat het vrij veel tijd en moeite kost om via massaspectrometrie een glycanstructuur te achterhalen. Het is dus wel zo efficiënt om die bepaling zo weinig mogelijk te hoeven doen.

De strategie komt er op neer dat je uit je celweefsel alle glycanen isoleert die je maar kunt vinden. Om te beginnen geef je die allemaal een fluorescent label mee. Met HPLC-vloeistofchromatografie sorteer je vervolgens het mengsel, zodat je zuivere glycanen overhoudt. Die verdeel je over een microarray, en daarop laat je de te testen stof los. De glycanen die daar aan blijken te binden zijn interessant, de rest kun je verder negéren.

De onderzoekers noemen het ‘shotgun glycomics’ om duidelijk te maken dat ze eigenlijk met hagel op het probleem schieten om de trefkans te vergroten (zie ook ‘shotgun genomics’).

Ze hebben al met succes een glycan achterhaald dat verantwoordelijk is voor geheimzinnige autoimmuunreacties bij sommige patiënten met de ziekte van Lyme.

Als het goed is moet je er ook mee kunnen uitvinden welke glycanen specifiek zijn voor tumorcellen, en zich dus lenen als ‘target’ voor medicijnen.

bron: Emory University