Standaardnotatie voor metabole routes voorgesteld

In Nature Biotechnology is een nieuwe standaard voorgesteld voor de grafische weergave van moleculair-biologische processen. De makers hopen dat het een hoop verwarring kan voorkomen bij de uitwisseling van wetenschappelijke informatie.

De ‘Systems Biology Graphical Notation’ (SBGN) wordt omschreven als het biologische equivalent van de manier waarop elektronici hun schema’s tekenen. De symbolen die daarin worden gebruikt, zijn al tientallen jaren internationaal gestandaardiseerd. In de (systeem)biologie bestaan zulke afspraken echter nog niet; in publicaties doet men maar wat.

SBGN is oorspronkelijk een Japans initiatief. Er is vier jaar aan gewerkt door medewerkers van een dertigtal laboratoria wereldwijd.

In feite worden er drie verschillende sets symbolen voorgesteld: een voor moleculaire processen (‘wat wordt omgezet in wat’, bijgaand plaatje is hier een voorbeeld van), een voor relaties tussen entiteiten (‘wat katalyseert wat’) en een voor interacties tussen biologische activiteiten (‘wat beïnvloedt wat’, zonder naar de chemie te kijken).

Kleurgebruik mág, zolang er geen informatie verloren gaat wanneer je het schema afdrukt in zwart/wit.

bron: EMBL, Caltech