De eerste resultaten zijn binnen van een sequencer die DNA afleest terwijl het door een nanoporie wordt getrokken. Veelbelovend maar we zijn er nog lang niet, meldt Nature.

In elk geval lijkt de MinION, een product van het Engelse Oxford Nanopore, nog niet opgewassen tegen de nieuwste ‘klassieke’ sequencers. Zoals de vorige maand aangekondigde Illumina HiSeq X, die een menselijk genoom moet kunnen sequensen voor minder dan 1.000 dollar - mits je er tien tegelijk koopt en genoeg monsters hebt om ze jarenlang continu zoet te houden.

En de MinION hééft al meer dan een jaar vertraging - beloofd was dat hij nog in 2012 op de markt zou verschijnen.

Tijdens een congres in Florida presenteerde bioloog David Jaffe (Broad Institute, Cambridge, VS) twee bacteriegenomen die met behulp van MinION-data in elkaar zijn gezet. De sequenties die MinION aanleverde, bleken gemiddeld 5.400 basen lang te zijn met uitschieters naar 10.000 basen. Dat is veel beter dan wat er uit zo’n Illumina-machine komt, maar duidelijk minder dan de 100.000 basen waar de ontwerpers twee jaar geleden op zeiden te mikken.

Erger is dat de MinION systematische fouten lijkt te maken. Normaal gesproken screen je hetzelfde DNA enkele tientallen keren en leg je de resultaten naast elkaar. Er sluipen elke keer fouten in maar als ze telkens op een andere plek zitten komt er een redelijk betrouwbaar gemiddelde uit. De MinION daarentegen bleek telkens de nanotandjes stuk te bijten op dezelfde passages van het genoom; om de bacteriën compleet te krijgen moest Jaffe die stukken alsnog door de Illumina halen.

Onduidelijk is hoeveel er nog aan die MinION te verbeteren valt. Veel experts hebben daar wél hun hoop op gevestigd: op papier moet de nanoporietechnologie ongekend snel en goedkoop zijn, en veel minde ruimte in het lab innemen dan zo’n Illumina.

“En hij is cute, met leuke lampjes, een ventilator die gezellig zoemt en een usb-aansluiting”, liet Jaffe zich ontvallen.

bron: Nature