Met fluorescerende koolstofnanobuisjes kun je een sensor bouwen die in realtime selectief eiwitmoleculen detecteert die door een eencellige worden uitgescheiden. Zonder dat je die eiwitten zelf hoeft te labelen, schrijven MIT- en Berkeley-onderzoekers deze week in Nature Nanotechnology.

Voor de herkenning zorgen daarbij aptameren, stukjes enkelstrengs DNA die puur vanwege hun vorm passen op een bepaalde aminozuursequentie. In dit geval voeg je er een staart aan toe die op vergelijkbare wijze past op een enkelwandig koolstofnanobuisje. Die eiwitmatch is een kwestie van lang genoeg uitproberen, maar om die buisjes te binden is een simpele afwisseling van A- en T-basen voldoende.

Die enkelwandige buisjes fluoresceren sowieso onder invloed van licht in het nabije infraroodgebied, en die fluorescentie blijkt duidelijk sterker te worden als het aptameer een eiwit bindt.

Michael Strano en collega’s hebben het met succes uitgeprobeerd met aptameren voor twee enzymen: RAP1 GTPase en HIV1 integrase. Als micro-organisme diende de bacterie E.coli of de gist Pichia pastoris, opgesloten in de kanalen van een microfluïdische chip. De eiwitproductie als functie van de tijd bleek prima te volgen: zo is nu eindelijk het vermoeden bewezen dat E.coli tijdens en vlak na een celdeling de productie op een laag pitje zet.

bron: Nature Nanotechnology