Vici-subsidie voor eiwitchemicus Marcellus Ubbink.

Op 10 december ging de kurk van de champagnefles in het Gorlaeus Laboratorium in Leiden, vertelt eiwitchemicus Marcellus ubbink (43). Met de toekenning van een Vici-subsidie van 1,25 miljoen kan Ubbink zijn onderzoek naar vormdynamiek bij enzymen fors uitbreiden. “Die fles had ik nog staan, dus we hebben het gelijk met de hele groep gevierd. Niet dat ik er al op had gerekend. Uit de hele aanvraagprocedure, die al in maart begon, kon ik niets opmaken over een positieve uitkomst, behalve dat de referenten positief waren.”

Ubbink zal het geld steken in fundamenteel onderzoek naar enzymen: “Met mijn onderzoeksgroep probeer ik te begrijpen hoe enzymen echt werken. Als je de tekstboeken leest, lijkt dat al helemaal uitgezocht. Maar uit studies met NMR van de laatste jaren zien we dat vormdynamiek – beweeglijkheid in het enzym – veel belangrijker is dan we tot nu toe dachten.”

HET FUNDAMENTELE WERK

Het onderzoeksmodel waarmee Ubbink werkt, cytochroom P450 uit de bacterie Pseudomonas putida, is daarvan een duidelijk voorbeeld. “De basisstructuur van dat enzym is helemaal gesloten. Het substraat kan de actieve site niet bereiken. Daarvoor moet zich waarschijnlijk een soort kanaaltje in het enzym openen. Wij willen dat met NMR gaan onderzoeken.” Door speciale probes met lanthaniden aan het enzym te koppelen, kan met paramagnetische NMR worden afgeleid hoe het enzym zich opent.

In een later stadium zal er ook onderzoek worden gedaan met menselijk cytochroom P450, een enzym dat een belangrijke rol speelt in de afbraak van geneesmiddelen. “Op de langere termijn kan dat misschien farmaceutische toepassingen leveren. Je kunt bijvoorbeeld denken aan stoffen die de active site blokkeren, of het enzym remmen in de vormverandering. Dat is wel meer iets voor de farmaceutische industrie. Ik doe echt het fundamentele werk. Ik ben blij dat NWO erkent dat fundamenteel onderzoek heel belangrijk is.”

NIEUW TALENT

Ubbink rondde zowel een studie chemische biologie in Utrecht als een promotie aan cytochroom c-550 in Leiden cum laude af. Hij heeft mede door een Vidi-subsidie al een negenkoppige onderzoeksgroep van kunnen opbouwen. Met de nieuwe beurs komen daar twee aio’s, een postdoc en een analist bij.

De zoektocht naar nieuw talent is al begonnen. “ik heb een groep met veel nationaliteiten, maar het is altijd goed als er Nederlandse promovendi bijkomen.” Vooral afgestudeerden met een achtergrond in biochemie of biofysica zijn welkom. Het interessante van dit type onderzoek is dat je kunt meehelpen de wetenschappelijke tekstboeken te herschrijven, zegt Ubbink. “Moleculaire kennis lijkt soms helemaal af, maar met de komst van nieuwe onderzoeksmethodes ontstaan weer nieuwe inzichten in die voor ons onzichtbare wereld. Ik hoop dat we over 5 jaar kunnen laten zien hoe het enzym zich opent. En het zou prachtig zijn als die kennis over dynamische aspecten van enzymen in de studieboeken terecht gaat komen.”

Bron: C2W1, 24 januari 2009