KeyGene en Amplicon maken sequensen een stuk gemakkelijker.

“Een van mijn collega’s vergelijkt het met hagelslagvlokken en Marsrepen”, grapt KeyGene-ceo Arjen van tunen. Samen met de Amerikaanse partner Amplicon Express ontwikkelde het Wageningse bedrijf een creatieve manier om planten- en dierengenomen sneller én accurater in kaart te brengen. In San Diego werd onlangs het eerste succes van de Whole Genome Profiling-service gepresenteerd: het complete genoom van de meloen.

Van Tunen legt uit dat traditionele sequensingmethoden fragmenten opleveren van ongeveer achthonderd basenparen. Bij de 454-techniek van Roche zijn ze zelfs maar half zo groot. Deze ‘hagelslag’ in de juiste volgorde aan elkaar zetten is een enorme uitdaging. De nieuwe techniek verschaft een soort kapstok waar de fragmenten langs kunnen worden gelegd. “Hij gebruikt veel grotere fragmenten, van ongeveer 120.000 basenparen. Daarin breng je om de 2.000 basenparen een kleine tag van 35 paren aan. Op basis van die tags rijg je de grote brokken aan elkaar. En op dat geheel pas je later de grote hoeveelheden korte sequenties die je met de 454 hebt bepaald”, aldus Van Tunen. “Zo neemt de kwaliteit van je genome assembly toe, terwijl de kosten dramatisch afnemen.”

Meloen

Het octrooi is inmiddels aangevraagd. Als proof of principle werd het genoom van de zandraket (130 miljoen basenparen) opnieuw in elkaar gezet. De meloen (450 miljoen basenparen) was de eerste commerciële opdracht en volgens Van Tunen tevens het eerste plantengenoom dat helemaal op Nederlandse bodem is opgehelderd. Een van de volgende projecten betreft de tomaat (950 miljoen basenparen) waaraan samen met het Centre for BioSystems Genomics (CBSG) in Wageningen wordt gewerkt. “En we zijn bezig met een genoom van 2.600 miljoen basenparen, net iets kleiner dan dat van de mens”, verklapt Van tunen. “Qua kosten moet je dan denken aan iets van 1,5 miljoen euro. Kleinere genomen kun je voor een paar honderdduizend euro doen.”

Mensen gaat hij op deze manier niet sequensen. “Dat genoom is al bekend, daar heb je geen nieuwe kapstok meer voor nodig. Whole Genome Profiling is vooral geschikt om flinke aantallen totale genomen te screenen op deleties, inserties, inversies en andere veranderingen. Dit is bijvoorbeeld bij het karakteriseren van sommige tumoren van groot belang.”

Bron: C2W life sciences4, 7 maart 2009