Voor het eerst is een stukje enkelstrengs DNA zo nauwkeurig in kunststof afgegoten dat alleen een identieke sequentie in het afgietsel past. Onderzoekers van de Poolse academie van wetenschappen hopen zo ooit chemische sensoren te maken die zulke sequenties herkennen, schrijven ze in ACS Applied Materials & Interfaces.

Wlodzimierz Kutner en collega’s presenteren het als snelle en goedkope manier om DNA-fragmenten te checken op single nucleotide polymorphisms (SNPs), veel voorkomende genetische afwijkingen ter grootte van één base.

Hun methode komt er op neer dat ze eerst een complementaire streng synthetiseren uit gemodificeerde DNA-bouwstenen die aan één zijde gewoon passen op standaardbasen, terwijl aan de andere kant een 2,2’-bithien-5-ylgroep zit die compatibel is met de gebruikte geleidende kunststof. Je laat het af te gieten DNA hybridiseren met die complementaire streng, giet de combinatie af (via een elektrochemisch polymerisatieproces) en haalt na afloop het DNA weer weg. De complementaire streng blijft in het afgietsel zitten.

De Polen hebben het uitgeprobeerd met de sequentie TATAAA, die in heel veel genen voorkomt als ‘startcode’ voor de aflezing. Inderdaad bleek het afgietsel alleen TATAAA te binden, en geen andere sequenties.

De Polen onderzoeken nu of ze ook langere sequenties kunnen afgieten.

bron: Institute of Physical Chemistry of the Polish Academy of Sciences