Naar het model van GFP-eiwit is er nu ook een groen fluorescerend label voor RNA-moleculen. Dat maakt het voor het eerst mogelijk om RNA-sequenties binnen een levende cel goed te volgen, melden onderzoekers uit New York in Science.

De uitvinding van Samie Jaffrey en Jeremy Paige (Weill Cornell Medical Center) is gebaseerd op twee bekende feiten. Ten eerste het feit dat RNA zichzelf net als eiwitten kan opvouwen tot een complexe driedimensionale vorm, die geheel afhankelijk is van de basenvolgorde.

Ten tweede de wetenschap dat het beroemde GFP-eiwit zijn fluorescentie ontleent aan een zogeheten fluorofoor, een ‘klein’ molecuul dat op zichzelf geen licht geeft maar wel als het door het eiwit wordt gebonden en een een beetje wordt verwrongen door de 3D-vorm van dat eiwit.

De kunst was dus om een RNA-sequentie te bedenken die eveneens de juiste vorm heeft om zo’n fluorofoor te activeren.

Om het niet te moeilijk te maken zijn de Amerikanen uitgegaan van die bekende GFP-fluorofoor: 4-hydroxybenzylideenimidazolon, afgekort HBI. Daar maakten ze een aantal chemisch iets gewijzigde derivaten van, en vervolgens probeerden ze net zo lang RNA-sequenties (aptameren) uit totdat ze er een hadden die een duidelijke fluorescentie opleverde. Het bleek daarbij zelfs mogelijk om verschillende kleuren te creëren.

Uiteindelijk bleek 3,5-difluor-4-hydroxybenzylideenimidazolon (DFHBI) de beste resultaten op te leveren. De bijbehorende RNA-sequentie leverde een groene fluorescentie op, wat hem de werktitel ‘Spinach’ opleverde.

Om te zien wanneer een specifieke RNA-sequentie wordt aangemaakt, en waar hij zich vevolgens in de cel ophoopt, hoef je dus alleen maar de genetische code voor dat RNA uit te breiden met een stukje dat codeert voor Spinach. Tevens voorzie je de cel van DFHBI. Zodra je fluorescentie ziet, weet je dat je DFHBI aan de spinazie is.

bron: Weill Cornell Medical College