Gistcellen doen echt niet aan DNA-methylering. Wie denkt van wel moet zijn analyseprotocollen nog eens goed nakijken, claimen collega’s in het tijdschrift Analytical Chemistry.

Bij veel andere plant- en diersoorten, waaronder mensen, is die methylering het belangrijkste epigenetische regelmechanisme. Ze houdt in dat cytosines in het DNA hier en daar worden voorzien van een methylgroep, waardoor de genetische code ter plekke niet meer is af te lezen.

Tot voor kort werd algemeen aangenomen dat gistcellen dit mechanisme niet kenden. Maar vorig jaar verscheen een publicatie die twijfel zaaide: met de combinatie gaschromatografie/massaspectrometrie (GC-MS) waren tóch sporen van 5-methylcytosine in gistcellen aangetroffen.

Floriana Capuano (University of Cambridge) en collega’s denken nu te weten hoe dat kon. Het is maar dat in de monstervoorbewerking een hydrolyseringsstap zat, waarbij cytosine en 5-methylcytosine werden losgekoppeld van de DNA-suikerketen. Als je dát doet, zie je geen verschil meer tussen cytosines uit DNA en cytosines uit RNA. En al is over RNA-methylering nog heel weinig bekend, vast staat dát het bestaat.

De auteurs komen nu met een ander analyseprotocol dat met vloeistof- in plaats van gaschromatografie werkt, LC-MS/MS dus, met een tweede MS om de detectiegrens omlaag te brengen naar 250 attomol. Dat betekent dat je het nog ziet als slechts 0,002 procent van de cytosines is gemethyleerd. Bovendien werkt de monstervoorbereiding met enzymen die alleen DNA afbreken en geen RNA, zodat je zeker weet waar je cytosines vandaan komen.

Resultaat: bij Arabidopsis, muizen en E.coli vind je respectievelijk 14, 7,6 en 2,3 procent methylering, wat normale waarden zijn. Maar bij de gisten Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Saccharomyces boulardii, Saccharomyces paradoxus en Pichia pastoris detecteer je helemaal niets.

Bij het fruitvliegje Drosophila melanogaster dan weer wel een heel klein beetje, maar het is maar 0,034%. Dat verklaart dan weer de eerdere onzekerheid over de methyleringsdrift van fruitvliegjes: voor bisulfiet-sequencing, de traditionele methode om methylering op te sporen, zit dit percentage een of twee ordegroottes onder de detectiegrens.

bron: Analytical Chemistry