Wikipedia-achtige database hangt kladblok aan elk eiwit

Zojuist is de betaversie gelanceerd van WikiProteins. Deze website moet bestaande kennis over eiwitten en proteomics toegankelijk maken voor iedereen, en tevens de mogelijkheid bieden om bij elk brok informatie relevante aantekeningen achter te laten.

WikiProteins is de eerste website die voortkomt uit het project WikiProfessional. Dat mikt op wetenschappelijke toepassing van de technologie achter de online-encyclopedie Wikipedia. En dan vooral op het idee dat elk zelfstandig naamwoord in een tekst automatisch een hyperlink wordt met een eigen plekje in de database.

Op de website van Genome Biology geven de bedenkers, onder leiding van de Nederlandse onderzoeker Barend Mons, een kleurrijk voorbeeld van hoe het moet gaan werken.

In eerste instantie is WikiProteins gevuld door zoveel mogelijk bestaande databases leeg te zuigen, zoals PubMed, Swiss-Prot en Gene Ontology. Helemaal automatisch gaat het niet. Zo blijkt CLB2 op minstens vijf verschillende genen van evenzovele organismen te slaan, terwijl het ook nog eens een vulmiddel uit de tandtechniek is.

Tot nu toe ziten er al meer dan een miljoen biomedische lemma’s (‘Knowlets’) in het systeem. Volgens Mons en zijn collega’s kun je nu al zien dat het werkt: van de nu aanwezige eiwit-eiwitinteracties zouden ze meer dan de helft nooit heben gevonden als ze alleen uit PubMed-abstracts hadden geput.

bron: Genome Biology, Ars Technica