Met een verbeterde enzymatische amplificatieroute menen onderzoekers aan Harvard het probleem van de celkweken bij genoomsequencing opgelost te hebben. Organismen zouden nu niet langer meer in het lab gekweekt te hoeven worden om voldoende DNA te verzamelen.

Het is altijd een uitdaging voldoende DNA te verzamelen voor genoomsequencing uit organismen die moeilijk zijn te kweken in celculturen. Een onderzoeksteam heeft nu de noodzaak van celkweken weggenomen door een enzymatische amplificatiemethode die het DNA in cellen kopieert, te verbeteren.

Omdat vervuiling met ander DNA een probleem kan vormen bij zo’n methodes, gebruikte het team een fluorescente kleurstof om de amplificatie te monitoren. Zo waren de onderzoekers in staat het ‘achtergrond’-DNA te kwantificeren en te elimineren. Ze ontdekten ook dat de amplificatiemethode ‘hyperbranched’ DNA aanmaakte. Deze ‘branching’ werd teruggebracht door een driestaps enzymatische behandeling.

Het onderzoeksteam heeft het genoom van lijnen E. coli en Prochlorococcus al in kaart gebracht. Nu wil het ditzelfde gaan doen met individuele menselijke chromosomen.

Het onderzoek is gepubliceerd in Nature Biotechnology.

Bron: Chemical & Engineering News, 1 juni 2006