Amerikanen zoeken sequenties die Moeder Natuur niet lust

Er bestaan minstens 60.000 sequenties van vijftien nucleotiden die nog nooit in natuurlijk DNA zijn aangetroffen. Mogelijk zitten er volgordes tussen die dermate dodelijk zijn dat ze ook niet kúnnen bestaan, denken onderzoekers van Boise State University (Idaho).

De onderzoekers hebben software geschreven die databases met reeds opgehelderde genomen scant, op zoek naar combinaties die er niet inzitten. Daarbij wordt onderscheid gemaakt tussen ‘nullomeren’ die bij sommige soorten wel voorkomen maar bij andere niet, en ‘primes’ (letterlijk priemgetallen) die helemaal nergens opduiken.

Naast die 60.000 ‘primes’ van 15 nucleotiden heeft de software ook al 86 nullomeren van 11 nucleotiden gevonden die niet in het menselijk genoom zitten, en 746 sequenties van vijf aminozuren die in geen enkel natuurlijk eiwit voorkomen. De resultaten worden deze week gepresenteerd tijdens het Pacific Symposium on Biocomputing op Maui (Hawaii).

De volgende stap wordt om 20 van die aminozuur-‘peptoprimes’ toe te dienen aan bacteriën en menselijke celkweekjes om te kijken wat er gebeurt. Het kan zijn dat het ontbreken van deze sequenties puur toeval is, maar het kan bijvoorbeeld ook zijn dat ze een dodelijke immuunreactie oproepen.

De onderzoekers hebben al een miljoen dollar van het Amerikaanse ministerie van Defensie gekregen om te kijken of ‘primes’ zijn te gebruiken om DNA-monsters te labelen. Gekozen zou dan moeten worden voor sequenties die niet schadelijk zijn maar wel eenvoudig detecteerbaar. Het idee is onder meer om zo het verdachte DNA uit forensisch onderzoek te kunnen onderscheiden van referentiemateriaal, dat is aangeleverd door onschuldige vrijwilligers.

Ook wordt al hardop gedacht over een ‘zelfmoordgen’ dat in genetisch gemodificeerde organismen wordt ingebouwd en in noodgevallen gemakkelijk is te activeren.

bron: NewScientist.com