Voor het eerst is DNA gesequenst op volle zee. Het kan wel maar het kost een hoop moeite, concluderen onderzoekers van San Diego State University in het tijdschrift PeerJ.

Hun motivatie om een peperdure Ion Torrent PGM-sequenser aan boord van het motorjacht Hanse Explorer te brengen en hem mee te nemen naar de koraalriffen van de Line Islands, midden in de Stille Oceaan, was dat ze dan meteen nieuwe experimenten konden doen als de eerste resultaten onverwachte onderzoeksvragen opriepen. Wacht je met sequensen tot je veilig thuis in het lab bent, dan blijf je met die nieuwe vragen zitten tot er weer eens iemand die kant uit gaat.

Zelf vergelijken de onderzoekers het met de werkwijze van negentiende-eeuwse ecologen die uit de jungle thuiskwamen met een lading wilde dieren en pas dán konden vaststellen wat ze nou precies gevangen hadden.

Eerste probleem was waar ze de apparatuur moesten neerzetten. De sequenser zelf belandde helemaal bovenop, in de hut van de eigenaar, vanwege de mogelijkheid om de bijbehorende stikstoftank net buiten die hut aan dek te zetten. De PCR-apparatuur om de DNA-monsters te amplificeren moest dan weer in het washok, onder de waterlijn, omdat de ingebouwde centrifuge daar het minste last zou moeten hebben van de slingeringen van het schip. Het DNA-isolatielab kwam weer in een geïmproviseerde cleanroom in een hut waar tevens een van de onderzoekers sliep.

Vervolgens kostte het vanwege de slingeringen vijf uur om de sequenser te kalibreren, wat in een lab een kwartiertje werk is. Dat was nadat de onderzoekers de software van die sequenser hadden ‘gehackt’ om hem vanuit een laptop te kunnen besturen - het officiële touchscreen was onderweg kapotgegaan en op volle zee heb je geen servicemonteurs.

De centrifuges bleken sowieso nauwelijks te gebruiken. En de onderzoekers hadden veel last van gecorrumpeerde data, waarschijnlijk omdat harddisks ook niet helemaal vlekkeloos werken aan boord van een slingerend schip.

Toch is het gelukt om in drie weken tijd 26 bacteriële genomen te sequensen, plus twee ‘metagenomen’ van al het DNA dat in een monster aanwezig was.

De onderzoekers hopen het nog een keer te proberen, maar dan beter voorbereid.

bron: San Diego State University