Synthetisch DNA is handig als biomedische meetlat. Je kunt er mee onderzoeken wat de onderlinge afstand tussen twee functionele groepen moet zijn om op een receptoreiwit te passen, schrijven onderzoekers van het Karolinska-instituut in Stockholm in Nature Methods.

Met hun ‘nano-schuifmaat’ hebben ze al iets nieuws geleerd over het gemak waarmee borstkankercellen uitzaaien.

De schuifmaat is in werkelijkheid een hol buisje, opgebouwd uit 18 dubbele DNA-helices. De maten daarvan zijn tegenwoordig exact bekend. Op vaste afstanden steekt er een korte zijtak uit waar je een eiwit of ander molecuul aan kunt hangen.

De Zweden hebben er de koppeling mee bestudeerd van efrineliganden die uit het membraan van de ene cel steken, en efrinereceptoren op het membraan van de cel er naast. Die interactie heeft het nodige te maken met de manier waarop weefsel zichzelf organiseert, maar ook met de manier waarop losgeslagen kankercellen elders binnendringen en een uitzaaiing vormen.

Er bestond al een vermoeden dat het uitmaakt hoe ver die efrineliganden uit elkaar zitten. Dat is nu uitgetest door een aantal van die liganden (typre efrine-A5) op zo’n schuifmaat te zetten. De onderlinge afstand was daarbij óf 42,9 óf 100,1 nm.

Die schuifmaat werd vervolgens blootgesteld aan een kweekje van borstkankercellen. De resulterende activiteit van de bijjpassende receptor, genaamd EphA2, werd daarbij afgelezen aan de hand van de fosforylering. Inderdaad bleek die activiteit hoger wanneer de efrine-A-vijfjes dichter op elkaar op de schuifmaat zaten.

De expeirmenten bevestigden tevens de eerdere waarneming dat die verhoogde activiteit er toe leidt dat de tumor minder snel uitzaait.

Volgens de onderzoekers is het nuttig om te weten wanneer je de efrine-signalering wilt manipuleren om kanker te bestrijden. De proof of principle van het nano-schuifmaat-idee zou echter wel eens veel belangrijker kunnen zijn dan deze ene toepassing.

bron: Karolinska-institutet, Nature Methods