Vergelijkend onderzoek van tien merken leert dat verschillen alleszins meevallen

Tegenwoordig wordt de expressie van genen routinematig gemeten met behulp van DNA-microarrays. Probleem daarbij is dat er inmiddels minstens een dozijn verschillende microarray-platforms bestaan. Dat maakt het moeilijk om de resultaten van verschillende wetenschappelijke studies onderling te vergelijken, want hoe weet je of de ene microarray hetzelfde meet als de andere?

Onderzoeker Winston Kuo van de Harvard School of Dental Medicine werkt daarom al een paar jaar aan een methode om de array-platforms objectief te vergelijken met elkaar en met klassieke PCR-assays.

Vier jaar geleden publiceerde Kuo een eerste vergelijking van de twee meest courante platforms uit die tijd, Affymetrix en cDNA. Die klonk niet al te optimistisch.

De nieuwste resultaten, die sinds 2 juli op de website van Nature Biotechnology zijn te vinden, klinken minder negatief. Dit keer zijn tien platforms getest: Affymetrix, Applied Biosystems, Agilent, Compugen, GE Healthcare, Mergen, MWG BioTech, Operon en twee arrays uit universiteitslabs. Als testmateriaal dienden twee RNA-monsters met een breed spectrum aan expressieniveaus.

Vooral bij de commerciële arrays blijken de resultaten heel redelijk overeen te komen met elkaar en met de PCR, zeker bij genen met een hoog expressieniveau.

De microarrays hebben meer moeite met de identificatie van genen met een lage expressie. Ook zijn de verschillen nog altijd significant groter dan wanneer twee verschillende labs proeven doen met arrays van hetzelfde merk.

Kuo zet zijn studie voort. Inmiddels heeft hij er alweer vier nieuwe merken microarrays bij betrokken: Agilix, Illumina, MPSS en SAGE.

bron: persbericht Harvard