Eerste model dat gedrag van willekeurige aminozuursequentie simuleert

Onderzoekers van de Harvard-universiteit hebben het eerste computerprogramma gepresenteerd dat de driedimensionale structuur van een klein eiwitmolecuul op atomair niveau kan voorspellen. Meer dan vierduizend verschillende simulaties van eiwitvouwing bleken redelijk overeen te komen met experimentele waarnemingen, zo schrijven ze deze week in de Proceedings of the National Academy of Sciences.

De simulaties kunnen onder meer leiden tot beter begrip van aandoeningen, die worden toegeschreven aan fout gevouwen eiwitten. De gekkekoeienziekte is een bekend voorbeeld.

Het model bevat een zeer groot aantal mogelijke interacties tussen onderdelen van de twintig aminozuren, waaruit menselijke eiwitten zijn opgebouwd, met elkaar en met het waterige milieu in het inwendige van een organisme.

Het model kan het vouwingsproces gedurende ongeveer 10 microseconden volgen. Dat is een factor duizend langer dan bij eerdere modellen, en soms net voldoende voor een klein eiwit om een biologisch stabiele configuratie te bereiken.

bron: Harvard