Met nieuw ontwikkelde software kun je de onderlinge moleculaire communicatie tussen groepen cellen visualiseren, aldus een paper in Cell Systems.

Dat biologische cellen met elkaar communiceren door moleculen over en weer te sturen is al een tijd lang bekend, maar over hoe die communicatie precies verloopt en welke patronen dat met zich mee brengt was minder helderheid. Yiteng Dang, Douwe Grundel en Hyun Youk van de Technische Universiteit Delft hebben daarom software en een theoretisch raamwerk ontwikkeld waarmee ze kunnen zien wat voor patronen een genregulerende celkolonie laat zien.

De onderzoekers beschrijven in hun werk alle ‘cellulaire dialogen’ die mogelijk zijn met twee moleculen die allebei een gen aan kunnen zetten. Ze geven de vier combinaties voor een cel – gen 1 en 2 aan, gen 1 uit, gen 2 uit of gen 1 en 2 uit – weer met verschillende kleuren (zie deze video). In een celkolonie kun je dan aan het patroon zien waar genen aan of uit staan en hoe het aanzetten van een bepaald gen voor een verandering in het patroon zorgt.

Om te zorgen dat de kennis zich kan uitbreiden, hebben de Delftenaren de theorie en de software open source gemaakt, zodat andere onderzoekers de data kunnen aanvullen met eigen bevindingen.