Voortaan kun je het genoom van een pas ontdekt virus binnen 24 uur achterhalen. Dat vergroot de kans dat je een dreigende epidemie in de kiem kunt smoren, stellen wetenschappers van de UC San Francisco.

In PLoS ONE beschrijven Charles Chiu en collega’s hoe ze met ‘ultra-rapid deep sequencing’ in recordtijd de identiteit hebben achterhaald van het zogeheten Lone Star-virus, dat wordt overgebracht door de teek Amblyomma americanum. Over dat virus heeft niemand zich tot nu toe grote zorgen gemaakt, maar de teek wordt steeds beruchter als overbrenger van diverse andere ziektes.

Het onderzoek naar het virus was dan ook primair bedoeld om meer duidelijkheid te krijgen over het assortiment virussen dat eventueel door A. americanum kan worden overgebracht.

De in het lab van Chiu ontwikkelde ‘ultra-rapid deep sequencing’-techniek is in feite een combinatie van gewone ‘deep sequencing’ en computertechnieken die de meetresultaten in recordtijd uitwerken. Waar je vroeger een week nodig had om een genoom te reconstrueren, kan het nu dus binnen een etmaal.

In dit geval was de uitslag dat het Lone Star-virus een zogeheten phlebovirus is. Chiu kan niet uitsluiten dat het wel degelijk mensen kan besmetten, al is onduidelijk wat je daar dan voor ziekteverschijnselen van krijgt. Maar het is dus wel familie van een paar andere virussen die bij mensen wél leiden tot hoge koorts, zoals het Heartland-virus en Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome Virus (SFTSV).

Met andere woorden: die teek verdient het om in de gaten te worden gehouden.

Chiu werkt nu aan een gafische interface die labs over de hele wereld toegang moet geven tot zijn computeralgoritmes. Het idee is dan dat je nieuwe virussen in het veld sequenst, met een draagbaar apparaat, en via een draadloze internetverbinding de resultaten ‘in de cloud’ laat uitwerken.

bron: UCSF