Aanpassingsvermogen parasiet toegeschreven aan repeterend DNA

Het genoom van de veroorzaker van de aardappelziekte is opgehelderd. Onderzoekers van 34 instituten, waaronder Wageningen Universiteit, publiceerden de genoomsequentie van Phytophthora infestans zojuist in Nature.

De aardappelziekte is al honderden jaren een doorn in het oog van aardappeltelers. Berucht is nog steeds de hongersnood in Ierland rond 1850, die mede door het jaren achtereen mislukken van de aardappeloogst werd veroorzaakt.

Heden ten dage leiden misoogsten als gevolg van infectie met P. infestans ook in Nederland nog steeds tot een schade van 9,4 miljoen euro per jaar. Om dit te voorkomen worden aardappelen bijna wekelijks bespoten, wat ook weer grote kosten met zich meebrengt. De genoomsequentie biedt inzicht in het succes van de pathogeen.

De onderzoekers brachten met behulp van whole genome shotgun sequencing het genoom van P. infestans in kaart. Het genoom telt 240 miljoen basenparen, en is daarmee veel groter dan dat van de verwante soorten P. sojae (95 miljoen basenparen) en P. ramorum (65 miljoen). De 18.000 genen liggen vaak in groepjes bij elkaar.

Het genoom van P. infestans heeft veel meer repeterend DNA dan dat van zijn soortgenoten: wel 74 procent bestaat hieruit. In dit repeterend DNA bevinden zich weinig genen, maar de genen die er liggen, coderen voor eiwitten die betrokken zijn bij de infectie van de aardappelplant. Dit DNA muteert veel sneller, waardoor de ziekteverwekker zich waarschijnlijk snel heeft kunnen aanpassen en zo succesvol is geworden.

Bron: Wageningen Universiteit, Nature