Triomf voor nieuwe generatie sequencers

55 jaar na de opheldering van de spiraalvorm van DNA presenteert Nature deze week het vervolg: de volledige DNA-sequentie van James Watson, een van de ontdekkers van die spiraal. De publicatie wordt vooral beschouwd als reclame voor 454 Life Sciences, het Amerikaanse bedrijf dat de analyse-apparatuur heeft ontwikkeld.

Watson gaat de geschiedenis in als het tweede menselijke individu waarvan het genoom is gepubliceerd. Genomics-ondernemer Craig Venter had vorig jaar de primeur. Het genoom van Watson was ook een jaar geleden al klaar maar tot nu toe had alleen Watson zelf een kopie op cd staan.

De nu eindelijk verschenen publicatie over het Watson-genoom vermeldt 454-oprichter Jonathan Rothberg als laatste auteur. Volgens Rothberg is Watson “the first of the rest of us”. De opheldering heeft maar een paar maanden en een miljoen dollar gekost. Het genoom van Venter werd met de vorige generatie apparatuur opgehelderd, en dat kostte toen nog 100 miljoen.

Overigens zijn er wel twijfels aan de 454-methode. Deze berust op het in talloze kleine stukjes (250 basen elk) knippen van het DNA, het analyseren van die stukjes en het weer aan elkaar puzzelen van het resultaat. Bij dat laatste wordt echter zwaar geleund op het feit dat er al een generieke menselijke genenkaart beschikbaar is, met dank aan het Human Genome Project. Die kaart wordt gebruikt als referentie. Of 454-sequencing ook werkt wanneer je die referentie nog niet hebt, is afwachten.

bron: Nature, naturenews