Nieuwe schoonmaaktechniek eiwitdatabanken

Een nieuw stukje bio-informaticagereedschap kan abnormale eiwitsequenties opsporen en corrigeren. Deze functie, Mispred genoemd, moet een nieuwe functie worden voor openbare eiwitdatabanken, zoals Swissprot en GNOMON.

Hongaarse wetenschappers publiceren hier deze week over in het open access tijdschrift BMC bioinformatics. Volgens hoofdonderzoeker Laszlo Patthy is de nieuwe speurmachine hard nodig, omdat een groot deel van de eiwitten van eukaryote genen verkeerd worden voorspeld.

MisPred controleert vooral of eiwitten goed gelabeld zijn: eiwitten die naar de celkern moeten, kunnen niet tegelijk een etiket voor transport uit de cel hebben. Ook zijn eiwitlabels vaak afwezig, wat ook op fouten kan wijzen.

Bron: BMC Informatics