De chemie en life sciences kunnen niet meer zonder wetenschappelijke software. Maar hoe staat het met de erkenning van de ontwikkeling ervan binnen de academische wereld? Vier kenners praten mee.

‘De ontwikkeling van wetenschappelijke softwaretools wordt steeds belangrijker binnen de chemie en life sciences’, stelt Lars Ridder van het Netherlands eScience Center. ‘In sommige onderzoeksgebieden kunnen we niet meer zonder. Denk aan big data analyseren, complexe simulaties draaien of resultaten visualiseren. Maar binnen universiteiten loopt de erkenning voor dit werk achter op het belang ervan. Academici worden beloond voor publicaties met een hoge impactfactor, en niet voor wetenschappelijke software ontwikkelen en beschikbaar stellen.’

 

Weinig zichtbaar

NWO en SURF, de ICT-samenwerkings­organisatie van onderwijs en onderzoek, riepen het eScience Center vijf jaar geleden in het leven om onderzoekers van alle disciplines via financiering en expertise te ondersteunen in onderzoek op basis van softwaretechnologie. Farmacochemicus Chris de Graaf van de VU leidt een van de vier chemiegerelateerde projecten die momenteel onder de vlag van dit Center lopen en waarbij Ridder als eScience research-coördinator betrokken is. De Graaf werkt aan structuuropheldering van onder meer GPCR-eiwitten, waarbij software een onmisbare tool is.

Via De Graaf stuitte C2W op deze thematiek. Hij legt uit: ‘Waar het ons vooral aan ontbreekt is ruimte, via funding of expertise-ontwikkeling, voor de benodigde professionalisering van de tools.’ Die moet ervoor zorgen dat het einde van een promotie of postdoc niet tegelijkertijd het einde van de software betekent. Ridder: ‘Je wilt kunnen voortbouwen en niet steeds opnieuw het wiel moeten uitvinden.’

 

‘Er ontstaan manieren om je tools in de etalage te zetten’

Volgens Ridder geeft de oprichting van het eScience Center al blijk van erkenning van het belang van professionele software voor de wetenschap, maar is er nog veel werk aan de winkel. ‘Financiers en gebruikers zien wetenschappelijke software nog vaak puur als tool, terwijl je eigenlijk net als bij een publicatie wetenschappelijke kennis ter beschikking stelt.’ Dit zou je moeten meewegen als wetenschappelijke output, aldus Ridder en De Graaf, bijvoorbeeld door een nieuwe softwarerelease als ‘publicatie’ aan te merken. Maar zo werkt het vooralsnog niet binnen de academie.

‘Bij een mooie toepassing van een tool, een geneesmiddel ontwerpen bijvoorbeeld, is iedereen blij’, legt De Graaf uit. Zulk werk is zeker publiceerbaar, maar het aandeel van de software, die op de achtergrond voor de doorbraak zorgde, is niet altijd even zichtbaar. ‘Juist ook die gedetailleerde beschrijving van het ontwikkelde in-silicogereedschap is een belangrijke wetenschappelijke bijdrage die aandacht moet krijgen’, vervolgt De Graaf. ‘Door methodologische en technologische elementen duidelijk zichtbaar te maken én te erkennen, kun je samen met gebruikers en andere ontwikkelaars de software verder verbeteren. Daarmee versterk je de wetenschappelijk impact.’

In het softwarematige gedeelte van zijn werk publiceren ziet De Graaf wel een positieve ontwikkeling. ‘Het Journal of Chemistry Informatics and Modeling bijvoorbeeld heeft inmiddels een format gecreëerd waarmee je software via een application note kunt publiceren. Er beginnen dus manieren te ontstaan om je tools in de etalage te zetten.’

 

Net zo belangrijk

Egon Willighagen, universitair docent aan de UM, herkent wat De Graaf en Ridder benoemen en zegt tegelijkertijd dat het niet nieuw is. ‘Voor de eerstegeneratiecheminformatici was dit de reden om software onder te brengen in bedrijfjes.’ Uiteindelijk gaat het niet om die toppublicatie, maar om de funding, aldus Willighagen. ‘Daarbij zijn artikelen de currency van erkenning.’ Net als De Graaf ziet hij de publicatiemogelijkheden toenemen. ‘Sinds medio vorig jaar ben ik editor in chief van het Journal of Cheminformatics en daarin geven we uitdrukkelijk ruimte aan data-analyse- en software-artikelen.’

 

’Het open source maken van software kan hierin een belangrijke rol spelen’

Als het aan Willighagen zou liggen, zouden we afstappen van de impactfactor. ‘De meeste impact zou het hebben als NWO gaat zeggen dat wetenschappelijke software net zo belangrijk is als een wetenschappelijk publicatie.’ Dat neemt niet weg dat je ook nieuwe software moet reviewen. ‘In de huidige setting kijk je wel naar het artikel, maar niet naar de broncode. In dat licht zou het open source maken van software een belangrijke rol kunnen spelen. Je denkt wel twee keer na voordat je iets opschrijft als je weet dat het hele veld kan meekijken.’ Een mooi voorbeeld van een open source-tool is de Chemistry Development Kit, een bibliotheek voor chem- en bioinformatics, aldus Willighagen. ‘Maar ondanks dat deze tool veel gebruikt wordt, mist de erkenning voor de waarde ervan.’

 

Competitie

Software-ontwikkelaar Alexander Griekspoor vindt het juist opvallend dat zoveel wetenschappelijke software open source wordt aangeboden. ‘Daarmee snij je jezelf als academie in de vingers. Met een goed businessmodel kun je funding agencies overtuigen van de noodzaak van de ontwikkeling ervan.’ Griekspoor gooide het roer om na zijn postdoc aan het EBML Outstation in Cambridge en heeft inmiddels diverse bedrijven op zijn naam staan.

 

‘De academie werkt niet anders dan de wereld daarbuiten’

‘De academische wereld werkt in feite niet anders dan de ondernemerswereld daarbuiten’, vervolgt de onafhankelijke software-ontwikkelaar. ‘In beide gevallen gaat het erom of je softwarepakket voldoende impact heeft om zijn geld waard te zijn.’ En het is de wetenschap eigen dat funding schaars is, maar dat leidt er volgens Griekspoor vooral toe dat er evengoed als daarbuiten sprake is van competitie. ‘Ik denk dat als je echt goed bent in wat je doet, en daar komt ook wat geluk bij kijken, je een manier kunt vinden om je werk gefinancierd te krijgen.’

Griekspoor zegt niet te kunnen inschatten of er al dan niet voldoende erkenning voor dit type werk is binnen de academie. Hij is van mening dat als het veld echt niet zonder een bepaalde tool kan, er wel iemand in dat gat springt. Dan hebben we het wel over het innovatieve, wetenschappelijke gedeelte van het veld. ‘Aan de andere kant heb je de essentiële, ondersteunende rol die nodig is om software overeind te houden, inclusief het onderhoud. Voor dat laatste moet je zoals al gezegd een businessmodel ontwikkelen. Als een nieuwe versie het leven van een wetenschapper significant beter maakt, dan moet diegene ook bereid zijn ervoor te betalen.’

 

Meer respect

Griekspoor verwacht een kentering in hoe er naar software-ontwikkeling gekeken gaat worden in de nabije toekomst. ‘Aangespoord door big data-analyses zal er meer respect voor komen.’ De Graaf ziet ook zeker voor zichzelf een rol weggelegd: ‘Het is onze taak als computational chemists om in samenwerkingsprojecten wetenschappers te overtuigen van het belang van software. Dat aankaarten kan ook erkenning genereren.’