Sophie Blinker heeft er gewoon gevoel voor, zegt ze zelf. De UvA-masterstudente biomedische wetenschappen en geneeskunde nam na een cum laude bachelor een tussenjaar, waarin ze onder andere een specifiek eiwit in een bacteriële spore modelleerde en simuleerde in de computer. Blinker kreeg het voor elkaar om de resultaten te publiceren in het International Journal of Molecular Sciences. De publicatie vermeldt Blinker als eerste auteur, wat zeer uitzonderlijk is voor een student.

Gigantische datasets

Het begon allemaal bij de research honours – een extra programma naast je bachelor – die Blinker volgde naast haar bachelor biomedische wetenschappen. Ze deed in die periode een labstage bij professor Stanley Brul, die microbiële sporen onderzoekt. Brul vroeg Blinker daarna om een eiwit te modelleren in de computer en dat te simuleren. ‘Dat waren een heleboel woorden die ik niet kende’, lacht Blinker. ‘Maar ik had inmiddels een tussenjaar, ik wist nog niet precies wat ik wilde doen en dit klonk eigenlijk wel leuk.’

Blinker onderzocht voor de publicatie een eiwit in een bacteriële spore. Bacteriële sporen maken een manteltje dat ze beschermt tegen effecten van buitenaf, wat het heel moeilijk maakt om de bacterie uit te roeien. Een complex aan eiwitten zorgt ervoor dat de bacterie van zijn sporevorm weer terug kan naar zijn vitale vorm. ‘Als we begrijpen hoe die eiwitten werken, kunnen we misschien invloed uitoefenen op de ontkieming en zo de bacteriën beter uitroeien’, legt Blinker uit.

Blinker ging het biologische vraagstuk van Brul omzetten in een computermodel. Om dat voor elkaar te krijgen, moest ze haar chemische kennis bijspijkeren en leren programmeren. Ze werd begeleid door Jocelyne Vreede, een onderzoeker die gespecialiseerd is in computationele chemie. Blinker: ‘Het was heel veel trial and error. Proberen, proberen en opnieuw proberen om dat model te bouwen.’ Toen het model af was, moesten de simulaties een aantal maanden draaien. In die periode ging Blinker op reis en toen ze terugkwam kon ze, naast haar pre-master geneeskunde, de resultaten analyseren.

Die resultaten waren zo goed dat Brul en Vreede voorstelden om ze te publiceren. Blinker begon anderhalf jaar geleden met schrijven. ‘Dat moest naast mijn studie, dus ik kon er niet fulltime aan werken. Maar elk vrij uurtje dat ik had, was ik aan het programmeren of de resultaten aan het verwerken. Zo’n eiwitsimulatie heeft gigantische datasets, dus het duurde ontzettend lang.’

Na een initiële afwijzing van eLife, stuurde Blinker het verhaal naar het International Journal of Molecular Sciences. Dat tijdschrift accepteerde het verhaal, maar vroeg ook om een aantal grote veranderingen. ‘Die laatste maand heb ik ontzettend hard gewerkt. Ik had toen gelukkig geen studie, dus ik kon er fulltime aan werken. Daarna ging het supersnel en binnen twee weken was het gepubliceerd.’

‘Er zijn nog nooit eerder eiwitten van zo’n bacteriële spore gesimuleerd in de computer’

Waterkanaal

Het belangrijkste resultaat is volgens Blinker de observatie dat het eiwit een waterkanaal vormt. Om ongevoelig te worden voor stressors, exporteert een spore namelijk al het water naar buiten. Je zou dit onderzoek echter ook als een pilotstudie kunnen zien. ‘Er zijn nog nooit eerder eiwitten van zo’n bacteriële spore gesimuleerd in de computer. Ze wisten niet of het kon. Dit model laat zien dat het mogelijk is en dat het wellicht kan helpen bij mutagenesestudies.’