Spatial transcriptomics brengt moleculen in cellen en weefsels in beeld in hun ruimtelijke samenhang. De Vlaamse startup Aspect Analytics ontwikkelt een platform om deze technologie breder beschikbaar te maken.

Dankzij moderne ‘omics’-technieken komt er steeds meer kennis beschikbaar over individuele cellen. Er is echter minder bekend over hoe een cel zich in zijn natuurlijke omgeving gedraagt. Zweedse onderzoekers ontwikkelden in 2016 de spatial transcriptomics-technologie, waarbij de analyses ook de positie van de cel in het weefsel meenemen. Daarmee heeft het ‘omics’-domein een vlucht genomen, aldus tijdschrift Nature, dat spatial transcriptomics begin 2022 omschreef als ‘een van de zeven technologieën om dit jaar in de gaten te houden’.

Het bedrijf Aspect Analytics in Genk springt in op deze ontwikkeling. Deze spinoff van de STADIUS-onderzoeksgroep, onderdeel van elektrotechniek aan de KU Leuven, verkreeg onlangs een kapitaalinjectie van €1,8 miljoen om spatial transcriptomics verder te ontwikkelen.

Aspect Analytics team

Aspect Analytics team

V.l.n.r.: Nico Verbeeck (AA), Marc Claesen (AA), Katleen Vandersmissen (HERAN – investeerder)

Holistisch beeld

‘Tijdens mijn doctoraat zag ik een groot verschil tussen de academische mogelijkheden van data-analyse en wat er voor het bedrijfsleven in de praktijk beschikbaar was’, vertelt oprichter Marc Claesen. ‘Daarom heb ik Aspect Analytics in 2018 opgericht, samen met Nico Verbeeck en Thomas Moerman.’

De beschikbare technieken voor moleculaire beeldvorming geven elk informatie over maar één specifiek aspect van een cel of een stukje weefsel. Met mass spectrometry imaging kun je bijvoorbeeld heel precies de distributie van suikers of vetten in een stuk weefsel in beeld brengen. Dit gebeurt vaak in combinatie met histologisch onderzoek waarbij je de celdensiteit kunt bepalen. Claesen: ‘Wij willen een holistischer beeld geven door informatie over verschillende soorten moleculen samen te brengen in hun ruimtelijke context. Daarvoor hebben we een softwareplatform ontwikkeld waarmee we de grote hoeveelheden beschikbare data uit de gehele cascade kunnen analyseren.’

‘Onze impact op onderzoek is al zichtbaar’

Dankzij deze techniek kunnen onderzoekers beter zien hoe cellen zich in ziek weefsel gedragen, bijvoorbeeld in het geval van kanker of de ziekte van Parkinson. Een andere belangrijke toepassing van het platform is medicijnontwikkeling. ‘Vaak worden medicijnen afgekeurd omdat ze niet in weefsel actief blijken te zijn’, vertelt Claesen. ‘Dat kun je al eerder ontdekken door het gedrag van medicijnen op verschillende niveaus te onderzoeken.’

Er is veel vraag naar het platform van Aspect Analytics. Inmiddels mag het bedrijf grote namen als Boehringer Ingelheim en GSK tot zijn klantenkring rekenen, evenals verschillende universiteiten en kleinere ondernemingen.

Uit de comfortzone

De eerste jaren van Aspect Analytics verliepen niet zonder moeite, vertelt Claesen: ‘We hadden alledrie een achtergrond in software, machine learning en artificial intelligence. De technologie was onze comfortzone. Alle zaken waar we geen ervaring mee hadden – sales, contracten, administratie – hebben we met vallen en opstaan moeten leren. Je kunt immers niet leren dansen door er een boek over te lezen.’

Ook het coronavirus zorgde voor een stroef begin van de onderneming. ‘Niet zozeer qua softwareontwikkeling – daarvoor werkten we al veelal remote. Maar in deze eerste fase was het leggen van nieuwe contacten van groot belang. Dat gebeurt normaal gesproken vaak tijdens conferenties. Maar omdat die allemaal niet doorgingen, konden we potentiële klanten niet face-to-face ontmoeten.’

‘Ons platform analyseert data uit de gehele cascade’

Gelukkig kreeg het bedrijf tijdens het opstartproces veel steun vanuit de KU Leuven, aldus Claesen. ‘Professor Bart De Moor heeft de opstart mede mogelijk gemaakt en onze huidige voorzitter van de Raad van Bestuur, Ilse Sienaert, heeft ons vanuit de Universiteit heel goed gecoacht.’

Standaardoplossing

Vier jaar na de start van het bedrijf is volgens Claesen een groeifase aangebroken. Voor het einde van het jaar denkt hij het personeelsbestand uit te breiden van negen tot dertien personen. ‘De impact van ons platform op het farmaceutisch en medisch onderzoek is zichtbaar. Daar ben ik zeker trots op.’

Ambitieus is Claesen zeker ook. ‘Ik denk dat we een rol kunnen spelen bij de verdere ontwikkeling van personalized medicine en nieuwe geneesmiddelen. Ik zou graag zien dat ons platform over een jaar of tien dé standaardoplossing is voor diepgaande spatial omics data-analyse.’

De kapitaalverhoging van €1,8 miljoen helpt hierbij zeker. Aspect Analytics koos ervoor om in zee te gaan met Venture Capitalist Heran. Dit fonds neemt 70% van de investering voor zijn rekening. ‘We kozen voor deze samenwerking omdat Heran veel specifieke kennis en expertise heeft in deze sector en ons kan helpen bij de commercialisering en internationalisering van het platform.’ Ook de beschikbaarheid van subsidies en grants helpen het bedrijf bij verdere ontwikkeling. ‘Het is zeer positief dat innovatieve bedrijven aanspraak kunnen maken op bijdragen vanuit bijvoorbeeld VLAIO, het Vlaamse Agentschap Innoveren & Ondernemen.’

Microscopische afbeelding van menselijke lymfeknoop

Microscopische afbeelding van menselijke lymfeknoop

Beeld: Aspect Analytics

De kleurige driehoek bovenin is een samenvatting van een spatial omics-experiment, waarin je de voornaamste structuur van (in dit geval) lipiden ziet in één samenvattend beeld. De figuur laat zien dat de moleculaire inhoud (kleuren) mooi samenvalt met de verschillende morfologische structuren die zichtbaar zijn in de microscopie.